1、企业基本信息填写错误
常见的情况有：
公司名称中粗心遗漏了省、市。比如：“天津市XX有限公司”填成了“天津XX有限公司”；
部分港资企业使用了繁体字；
国家高新技术企业认定管理工作网的系统注册码填成了统一社会信用代码；
选择的产品技术领域和国家高企认定管理工作网注册的不一致。
2、研发项目表述缺乏针对性
有时候高新技术企业申报书的填报人员为了赶时间省功夫，对各研发项目的文字表述缺乏凝练，没有充分体现不同研发项目之间的差异化、立项必要性，导致同一个企业的不同研发项目的立项目的和组织方式类同。
3、企业佐证材料不清晰
有些大型企业的研发项目多、财务资料多、知识产权多、研发项目过程的佐证材料多、销售合同多、检测报告多等等，然而按要求申报时上传的单个附件大小不可超过5M。为了达到可上传文件的大小，一些申报负责人往往会过度压缩文件，从而导致上传的文件变得模糊不清。
4、科技成果转化佐证材料过于简单
在高新申报的整套材料中，最容易出现问题的部分是成果转化，一些企业除了没有办法做到技术成果与产品（服务）一一对应，还出现提交的科技成果转化佐证材料过于简单的情况。
举个例子
①科技成果转化佐证材料只有产品发票、图片、合同，缺乏知识产权证书、检测报告等资料。
②将不同的成果转化、不同的高新技术产品（服务）收入的证明材料都附同一份销售合同、发票。
5、研发组织管理制度漏洞百出
在这一部分材料中，常见的问题是：
通过百度抄袭研发组织管理制度，但是没有根据企业实际情况进行修改，在制度中直接出现其他地区、其他企业的名字。
制度写明了有具体金额的奖励激励方式，但没有材料中没有出现相应的发放奖金、汇款或现金签收的凭证；
产学研合作在3年来对多项技术进行研究，但是企业的研究开发活动中仍全部是自主研发。
6、会计师（税务师）事务所佐证资料不全
在申报高新技术企业时，需要提供参与企业研发费用、高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证的中介机构的营业执照（复印件）、全年月职工平均人数、注册会计师或税务师人数的证明材料，中介机构声明（由法人签字并加盖公章）；参与企业财务报表鉴证的中介机构需提供营业执照（复印件）。
但有些企业所提供的会计师（税务师）事务所的资质证明中，只有文字的说明，没有附上30%以上的注册会计师的佐证和20人以上月平均人数的佐证；或者提供了月平均人数的佐证，但只有最近1个月的，无法体现平均人数达标；又或是放了多个月的人数佐证的平均数和事务所描述的人数平均数不符；甚至部分注册会计师的执业单位不在该事务所又没有转所证明。
7、缺乏高新技术产品（服务）收入的归集、核算及其佐证材料
一方面大部分企业未专门设置高新技术产品收入明细科目进行核算，另一方面在高新收入的确认上，未取得高新技术产品(服务)的佐证材料，如知识产权受理通知书或者授权证书、新产品新技术证明、检测报告、查新报告、销售发票等其他相关证明材料。
8、企业未及时办理更名
企业印章名称与企业系统名称不一致，应抓紧办理高企更名手续。
对于有效期内高企，登陆国家高企认定管理工作网，选择“核心信息修改（更名）”，填写好更名信息和其他信息，提交纸质材料至市科技局，由市科技局统一汇总至省高企认定办。
对已注册但不属于有效期内高企的企业，做名称变更流程为：在国家高企认定管理工作网上填写并提交核心信息（更名）变更申请——省科技厅审核——更名完成。
